Al snel had Hans een compagnon gevonden in de persoon van Ton van Beek. Circa 2 jaar na de oprichting kwam Martien Meijer (een oud-student van Hans) het bureau versterken. Hij was sinds 1995 directielid en vormde vanaf 2014 met Wouter Lengkeek en Eelco Waardenburg de directie. Eind 2026 ging Martien met pensioen.
Begin jaren ’90 wordt zusterorganisatie
Delta Milieu opgericht; een uitzendorganisatie voor ecologen. Later zijn BWZ ingenieurs (dat als zelfstandige onderneming is doorgegaan) en
BESE-products opgericht. In 2017 werd Koeman en Bijkerk onderdeel van Waardenburg Ecology en in 2025 is
VisAdvies overgenomen.
Zeeland is een belangrijk onderzoeksgebied voor Waardenburg Ecology gebleven. Al in de jaren ’80 is ‘het Zijpe’ in Bruinisse aangekocht; oorspronkelijk een wachtlokaal en café voor de plaatselijke pont, maar al snel omgebouwd tot een uitvalsbasis voor veldwerk in de Zeeuwse delta. Sinds 1995 is Waardenburg Ecology gehuisvest in het huidige, statige herenhuis aan de sfeervolle Varkensmarkt in Culemborg. In 2020 is een werklocatie geopend in Nijmegen. In 2026 zijn we gegroeid naar ruim 180 medewerkers.