Essentieel voor (meta)barcodering is een goede en betrouwbare referentiedatabase. Daarnaast levert eDNA-metabarcoding een fundamenteel ander type data op: omdat eDNA niet per se afkomstig is van de bemonsteringslocatie, dient de geografische schaal nader te worden gedefinieerd.

Bij DNA-barcodering worden dier- en plantensoorten geïdentificeerd aan de hand van een stukje DNA. Bij dieren is dat bijvoorbeeld vaak het CO1-gen. Het bepalen van de volgorde van de basenparen van deze stukken DNA wordt barcodering genoemd, met als eindproduct de barcode. Door deze barcode te vergelijken met bestaande barcodes in een referentiedatabase, waarvan de determinatie zeker is, is het mogelijk een snelle en betrouwbare determinatie te krijgen.

Bij metabarcoding worden meerdere stukjes DNA simultaan afgelezen. Het eindresultaat is een lijst van aanwezige soorten in een monster. Met deze werkwijze wordt regelmatig een opvallende biodiversiteit blootgelegd die met traditionele methodieken veel inspanning vergt.