Factoren als temperatuur, saliniteit, voedselrijkdom en zuurgraad zijn van invloed op de aanwezigheid van kiezelalgsoorten. Ze reageren snel op veranderende milieuomstandigheden; dat maakt ze uitermate geschikt als indicatoren voor de biologische beoordeling van de waterkwaliteit binnen de Kaderrichtlijn Water (KRW). Kiezelalgen zijn daarnaast relatief snel en eenvoudig te bemonsteren en kunnen goed tot op soort worden gedetermineerd.