Door klimaatverandering en intensief menselijk gebruik staat de waterkwaliteit onder druk. Macrofauna is zeer gevoelig voor zaken als eutrofiëring (vergroting van de voedselrijkdom), temperatuurverandering en droogte.
Gelukkig gebeurt er veel in Nederland om de waterkwaliteit te verbeteren. Er worden natuurvriendelijke oevers aangelegd, dood hout wordt teruggebracht in de rivieren en er vindt herstel van schelpdierbanken plaats in de Noordzee. Deze verbeteringen zien wij terug in de toename van de biodiversiteit in de macrofaunagemeenschap.