Omdat het natuurlijk onmogelijk is om het hele land in het veld te bekijken, is op basis van bestaande bronnen zoals de grootschalige basiskaart, beheertypekaart, landgebruikskaart, de Nationale Databank Flora en Fauna en luchtfoto's een slimme selectie worden gemaakt van gebieden waar vrijwel zeker geen habitattypen aanwezig zijn en kansrijke gebieden die in het veld bekeken moeten worden. Waardenburg Ecology heeft pilotprojecten uitgevoerd voor de Provincie Noord-Brabant en de Provincie Gelderland. Hieruit bleek dat er buiten Natura 2000-gebieden aanzienlijke oppervlaktes habitattype aanwezig zijn, zoals glanshaverhooilanden op de winterdijken van de grote rivieren. Ook bleek dat er grote verschillen zijn tussen gebieden, zo is in de uiterwaarden van de Waal meer habitattype aanwezig dan langs de IJssel. Dit hangt samen met landgebruik en dynamiek.