In de beheer- en inrichtingsvoorstellen hebben we onderscheid gemaakt in verschillende uitvoeringsfases. Op korte termijn dienen de watergangen kleinschalig verbeterd te worden, waarbij de focus ligt op het vergroten van het areaal ondiepe (tijdelijke geïnundeerde) oever en het voorkómen van langdurige droogval. Hiervoor kunnen verlande watergangen opgeschoond en uitgediept worden, oevers verlaagd worden en kunnen tijdelijke, groene stuwen aangebracht worden; dit verhoogt de waterstand in het voorjaar en de zomer. Voor de langere termijn zijn inrichtingsmaatregelen op een groter schaalniveau nodig; met verbindingen tussen watergangen en het opnieuw uitgraven van historische moeraslaagtes om aan het leefgebied van de grote modderkruiper toe te voegen.
Tenslotte geven we in het soortbeschermingsplan een aanzet om relictpopulaties te versterken middels een opkweek- en bijzetprogramma. De Limburgse relictpopulaties lijken zodanig klein, dat natuurlijk herstel wellicht te lang duurt om onvoorzien uitsterven op de korte termijn te voorkomen. Door kunstmatig, via een kweekprogramma, de voortplanting van een relictpopulatie te faciliteren, vergroten we het aantal juveniele grote modderkruipers. Hiermee kunnen we een steviger basis voor de bestaande populaties creëren, om zo uitsterven op de korte termijn te voorkomen en de huidige genenpool te behouden.