Zeeprik is zeldzaam in Nederland en wordt voornamelijk aangetroffen in de grote rivieren, meestal via (fuik)vangsten. Het gaat daarbij meestal om volwassen dieren tijdens de paaitrek in de rivierdelta. Ook bij onderzoek aan vispassages in de Rijn en de Maas komen we geregeld zeeprik tegen. Daarnaast zijn er verschillende waarnemingen van dieren die na de paai zijn gestorven en op de rivieroevers aanspoelen.
Over het voorkomen, de verspreiding en de voortplanting in Nederland is echter heel weinig bekend. Larven of juveniele dieren worden slechts zeer sporadisch gevonden. In de Rijn zijn er bijvoorbeeld waarnemingen van slechts twee juvenielen en één larf bekend. Hoewel voortplanting in de Rijn nooit is aangetoond, bestaat wel het vermoeden dat er wordt gepaaid, door de vondst van clusters van dode adulte dieren. In het stroomgebied van de Maas was voortplanting van zeeprik tot nu toe alleen bekend uit rivier de Roer (Limburg), waar al sinds circa 15 jaar larven, juvenielen en optrekkende volwassen dieren worden aangetroffen.
In 2008 en 2020 is tijdens visonderzoek in de monding van de Niers een juveniele zeeprik aangetroffen. Omdat het stroomgebied van de Niers een populatie rivier- en beekprik herbergt en de habitateisen voor voortplanting van zeeprik deels vergelijkbaar zijn met die van rivier- en beekprik, bestaat het vermoeden dat de gevonden juvenielen mogelijk afkomstig zijn van zeeprikken die zich in de Niers hebben voortgeplant. Er zijn echter geen andere waarnemingen van zeeprik in de Niers.